本丸の西北隅、20mの高石垣の上に建つ3層5階地下1階、地上約19mの櫓で、天守並みの構造と大きさを誇ります。
熊本城には天守とは別に、この規模の五階櫓（ごかいやぐら）が明治初年まで5棟（築城当時は6棟）存在しました。

宇土櫓の名前の由来は宇土（うと）の小西行長（こにしゆきなが）が関ヶ原で滅んだ後、小西の家臣の一部を清正が召し抱えて宇土小路（うとこうじ）として現在に名前を残します京町（きょうまち）に住まわせ、櫓をこの一団に管理させたことから、こう呼ばれたのではないかと言われています。

宇土櫓の屋根には鯱が乗り、大小天守閣と並んで三の天守と呼ばれることもありますが、この鯱（しゃち）は旧来からあったものではなく、昭和2年（1927年）に陸軍が解体修理した際に城内に保管してあった鯱を取り付けたものです。
この鯱は青銅製で高96cm、重さ約60kgあります。ちなみに、鯱（しゃち）は阿（あ）と吽（うん）の2体で1対です。<阿（あ）は雄のこと、吽（うん）は雌のこと。>
国指定の重要文化財ですが、現在は内部を一般公開しています。